Si tu crées plusieurs fenêtres avec un seul thread la boucle de message traitera les messages de toutes les fenêtres. En effet, dans cette boucle tu utilises la fonction GetMessage() son deuxième argument est un HWND correspondant à la fenêtre dont tu souhaites récupérer les messages; si tu y mets NULL, les messages de toutes les fenêtres seront récupérés.
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