Salut,
Sous Windows, tu peux envoyer la sortie dans un pipe, et lire se pipe pour mettre son contenu dans une variable.
Exemple ici.
J'utilise CreateProcess à la place de system (C'est ce qui est fait en interne quand on utilise system sous Windows), et je précise que la sortie standard du processus créé doit se faire dans le pipe.
Quoiqu'il en soit, il est souvent préférable de se passer du DOS (Au moins du cmd /C quand c'est possible).