Salut,
Manifestement, ton fichier median.dat n'est pas trié.
Donc s'il n'est pas trop gros, tu peux allouer une matrice en mémoire de la "bonne" taille.
Tu l'as remplie de zéros.
Puis tu parses median.dat, et tu mets des -1 là où c'est nécessaire.
Puis tu écrits ta matrice dans median1.dat.
Ta matrice peut ressembler à ça :
int tab[20][20]
Pour lire et écrire tu as la doc sur
ce site.
fwrite pour écrire par exemple.